001云霄飞车杀人事件(黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048外交官杀人事件（上集）
049外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054电玩公司杀人事件(龙舌兰出现，被炸死)
057福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128黑暗组织10亿抢劫事件（宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件(灰原哀出场）
130竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170黑暗之中的死角（上集）（重要人物新出医生登场）
171黑暗之中的死角（下集）
176与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复）
178与黑暗组织的再会（解决篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189危命的复活_负伤的名侦探
190危命的复活_第三种选择（工藤新一第二次恢复）
191危命的复活_黑衣骑士
192危命的复活_新一回来了
193危命的复活_约定的场所
226格斗游戏的陷阱（上集）（朱蒂出场）
227格斗游戏的陷阱（下集）
230谜一样的乘客（上集）（赤井秀一出场，形势复杂）
231谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258来自芝加哥的男子（上集）（詹姆斯·布莱克出场）
259来自芝加哥的男子（下集）
269犯罪的遗物（上集）（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270犯罪的遗物（下集）
271急忙掩饰的忽略（上集）
272急忙掩饰的忽略（下集）（灰原被怀疑，形势危急）
277英语教师VS西部名侦探（上集）（柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278英语教师VS西部名侦探（下集）
279迷宫的阴暗（上集）
280迷宫的阴暗（下集）
286工藤新一纽约事件（事件篇）（知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287工藤新一纽约事件（推理篇）
288工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309与黑暗组织的接触（交涉篇）
310与黑暗组织的接触（追踪篇）
311与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335东京现影所的秘密（前篇）（灰原被跟踪，山雨欲来）
336东京现影所的秘密（后篇）
338四辆保时捷（前篇）
339四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340厕所里隐藏的秘密（前篇）
341厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343便利店的陷阱（前篇）
344便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346寻找P股上的印记（前篇）（为上一集善后）
347寻找P股上的印记（后篇）
361帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374星星和香烟的暗号（前篇）
375星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)(boss的手机号被发现，斗争新动向）
425被组织的魔掌触碰的瞬间（水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429无法回到从前的两人(前篇)（本堂瑛佑出场）
430无法回到从前的两人(后篇)
462黑暗组织的影子年幼的目击者（本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463黑暗组织的影子奇妙的照明
464黑暗组织的影子谜样的高额报酬
465黑暗组织的影子珍珠的流星
484黑色照片的去向（前篇）
485黑色照片的去向（后篇）
491红与黑的碰撞开始（最精彩的一个系列，不可不看）
492红与黑的碰撞血缘
493红与黑的碰撞绝叫
494红与黑的碰撞冥土
495红与黑的碰撞昏睡
496红与黑的碰撞侵入
497红与黑的碰撞觉醒
498红与黑的碰撞搅乱
499红与黑的碰撞伪装
500红与黑的碰撞遗言
501红与黑的碰撞嫌疑
502红与黑的碰撞洁白
503红与黑的碰撞决死
504红与黑的碰撞殉职（第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
赤井秀一出场集数：（*表示出场时间短）
249神秘的乘客（前篇）
250神秘的乘客（后篇）
273本厅刑事恋爱物语4（后篇）
278来自芝加哥的男子（后篇）
289情人节的真相（推理篇）*
291犯罪的遗物（前篇）*
292犯罪的遗物（后篇）
293情急之下的应变之道（前篇）*
306中华街的雨中幻影（前篇）*
307中华街的雨中幻影（后篇）*
308工藤新一的纽约事件（事件篇）*
310工藤新一的纽约事件（解决篇）
333遗留下来的无声证言（后篇）
334与黑衣组织的接触（交涉篇）
336与黑衣组织的接触（决死篇）
361东都显影所的秘密（后篇）
363四辆保时捷（前篇）
364四辆保时捷（后篇）
371~375与黑衣组织的直面对决满月之夜的双重谜案★
459~463黑色冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间★
502黑衣组织的影子年幼的目击者
539红与黑的碰撞血缘
542红与黑的碰撞昏睡
543红与黑的碰撞侵入
544红与黑的碰撞觉醒
545红与黑的碰撞搅乱
546红与黑的碰撞伪装
547红与黑的碰撞遗言
548红与黑的碰撞嫌疑
549红与黑的碰撞洁白
550红与黑的碰撞决死
551红与黑的碰撞殉职
555卡拉OK包房的死角（后篇）*
614侦探团VS强盗团（骚乱）
629召唤危机的红色前兆
630黑与13的暗示
631逼近的黑色时刻
727一丁点都不原谅（前篇）
753漆黑的特快列车（发车）*
756漆黑的特快列车（终点）
786~787茱蒂的追忆与赏花的陷阱*
832绯色的序章*
833绯色的追寻
834绯色的交错
835绯色的回归
836绯色的真相
936涟漪中的魔法师（前篇）
937涟漪中的魔法师（后篇）
服部平次出场（按整个事件，×表示未出现，整理于百度百科“名侦探柯南各集列表”词条）:
49-50：外交官杀人事件
59-60：福尔摩斯迷杀人事件
80-81：名家连续惨死事件
122×，123：推理小说家失踪事件
124：浪花连续杀人事件
151-152：结婚前夕的密室事件
177-179：鸟取蜘蛛之家的古怪
185-188：二十年后的杀机交响乐号连续杀人事件
203×，204-207，208×：生死一瞬间
239×，240：满口谎言的委托人
241-243：人鱼失踪记
257-258：大阪3K事件
259,260×：新干线护送事件
282-285：大阪双重疑案浪花剑客与太阁城299-300：英文老师vs关西名侦探
313-315：孤岛之花与海龙宫
348-349：服部平次一筹莫展！
350-352：火焰中的红马
371-375：与黑暗组织直面对决满月之夜的双重谜案
402,403×：无言的航线
412-413：谁才是推理王
414-417：甲子园的奇迹向无形的恶魔挑战
440-442：柯南平次之推理魔术
519-522：与服部平次共度的3天
527，528×：黑色相片的下落
536-537：服部平次VS工藤新一滑雪场的推理对决
538,539-551×：红与黑的碰撞
556：红白黄色和侦探团
562-563：怪盗基德的瞬间移动魔术
564-566：风林火山
570-571：杀人犯工藤新一
572-573：新一的真实身份和小兰的眼泪
574：真正想知道的事
575，576×：憎恨的蓝色火花
605-606：鹳的探索之旅
622-623：妖怪仓库的寻宝战争
624-625：令人害羞的护身符的下落
661：被害者是工藤伸壹
662-664：犬伏城炎之魔犬
702-703：柯南VS平次东西侦探推理对决
704-707：毒和幻的设计
762-763：大家都看见了
734-767：服部平次和吸血鬼馆
816-817：柯南与平次恋爱的暗号
863-864：镰鼬旅馆
885-887：被僵尸包围的别墅
927-929：柯南与平次的鵺传说
940-941：在波洛咖啡厅解谜
————————目前未收录
971-972：:恋爱与推理的剑道大赛
980，981×：饱含心意的手机挂件
982-985：红色的修学旅行
—————————
998-999：寻找玛利亚
1022-1025：大怪兽哥美拉对战假面超人
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