001武藤游戏

游戏最初是一个自卑懦弱、没有朋友的少年。在8年前他的爷爷送给了一个从埃及带回来名为「千年积木」宝物。8年的时间里游戏不断拼凑着积木，在即将拼好之际却发现少了一块积木，原来这一块积木被他的同学城之内克也扔进了河里。这时风纪委员牛尾哲以替游戏报仇为借口揍了城之内一顿并以此勒索游戏，游戏为了保护城之内也遭到了牛尾的殴打。城之内深受感动，帮助游戏把最后一块积木从河里捡了回来，让游戏拼好了积木。在拼好积木之后，游戏的体内开始出现了「另一个自己」，每当自己遇到危险时，「另一个自己」就会出现，用「黑暗游戏」打倒并惩罚对方。游戏也和城之内克也、本田广以及真崎杏子成为了好朋友。[2]

游戏的爷爷是一名游戏痴迷者，经营着一家名叫做「龟游戏店」的店铺。某一天突然流行起来的决斗怪兽卡，引起了海马集团的董事长、天才少年海马濑人的觊觎。面对被夺走的「青眼白龙」，游戏与「另一个自己」向海马发出挑战。[1]

DEATH-T篇

海马集团的董事长、天才少年海马濑人对于输给游戏一事一直耿耿于怀，为了复仇打倒游戏，他早就准备好了一切。首先从世界各地搜集了3张「青眼白龙」，其后强迫游戏的爷爷武藤双六用海马集团新开发的立体影像系统与其决斗，在打倒武藤双六后夺走他的「青眼白龙」并且撕毁，遭到打击的爷爷倒地不起被送到医院。[3]

得知情况的游戏来到海马集团，为了向身处大楼顶层海马挑战，与城之内、本田、杏子等朋友们开始了对一个个「死亡游戏」的发出挑战。最后游戏成功来到顶层，用爷爷的卡组与拥有3张「青眼白龙」的海马展开对决，召唤出无敌的怪兽「艾克佐迪亚」击败海马，粉碎了海马的心之暗。（在朝日版的动画中被删减到只剩一集）[4]

RPG篇

班上新来了一个转学生貘良了，与游戏等人成为了朋友。貘良邀请游戏等人来家中玩RPG游戏。在游戏进行中，游戏等人昏了过去，醒来后发现自己变成了RPG游戏中的角色，而暗游戏此时现身，发现貘良的身体正被他所佩戴的「千年智慧轮」中的邪恶人格操纵，遂与暗貘良展开了黑暗游戏的对决。最终众人齐心协力，在RPG棋盘内击败魔王索克，使表貘良夺回了身体，打倒了暗貘良。（动画版中被改编为决斗者王国中的一集）[5]

决斗者王国篇

国际幻象社董事长帕加索斯·J·克罗佛多觊觎海马集团的立体影像技术，想通过收购海马集团得到它。但海马集团董事会的五巨头开出了一个条件，那就是必须打败海马的宿敌游戏。于是帕加索斯用神器「千年眼」的黑暗力量绑架了武藤双六的灵魂，强迫游戏参加自己主办的「决斗者王国」大赛。游戏想救出爷爷，就必须赢得比赛的冠军并打倒帕加索斯。为此游戏一路过关斩将，得以与帕加索斯展开决斗。帕加索斯利用能够看穿对手心理的「千年眼」占据优势，但最后被游戏用人格交替的手法破解。最终游戏仪式召唤出「黑混沌之魔术师」，击破了帕加索斯的终极王牌「千眼纳祭魔」，救出了被帕加索斯封印的灵魂（在漫画中，帕加索斯被暗貘良杀死并夺走千年眼）。[5]

DDD篇

班上新来的转学生御伽龙儿，夺走了游戏的千年积木，要挟游戏用自己开发的新游戏「DDD」龙骰格斗（动画版称为DDM）对决，目的是替因在游戏中输给双六而毁容的父亲报仇。表游戏为了夺回积木而战，并在这场第一次玩的游戏中打倒了御伽。（动画版进行了大量改编，将御伽的战斗理由改为替帕加索斯复仇，而夺走千年积木要挟表游戏则改成为被马利克操控的基斯）[6]

战斗城市篇

暗游戏在美术馆看见了一块刻有自己、海马、青眼白龙、黑魔导的古埃及石板，意识到了自己之所以不知道自己是谁的原因，即为自己的记忆在三千年前也随着自己的灵魂被封印了，他决定寻找自己遗失的最重要的记忆，而这个方法就是集齐由帕加索斯创作的「三幻神」卡。

另一边，守墓一族的传人马利克为了向法老王复仇，组建了稀有卡狩猎集团「古鲁斯」。他的姐姐伊西丝·伊修达尔为了阻止自己的弟弟对法老王展开的复仇，将「三幻神」中的「欧贝利斯克的巨神兵」交给海马，希望他能利用海马集团的力量引出马利克并阻止他的阴谋。海马为了从游戏处夺回「决斗王」的称号，在童实野市举办「决斗都市」大赛。暗游戏与城之内克也等人都参加了比赛。暗游戏击败了使用盗版「艾克佐迪亚」的猎人与同样使用「黑魔术师」的魔术师潘多拉，其后在马利克操控的默剧演员手中夺得了「奥西里斯的天空龙」，并且与海马联手击败了前来袭击的数名「古鲁斯」猎人。

但城之内克也被马利克控制，在码头中强迫暗游戏进行决斗。表游戏不忍暗游戏与城之内自相残杀，愿意牺牲自己让城之内获胜。最后城之内恢复理智，成功将游戏解救出来。

「决斗都市」的8强比赛改为在海马集团的飞艇上进行。暗游戏首先用「奥西里斯的天空龙」击败了暗貘良。在4强比赛中，游戏击败了海马，海马将「欧贝利斯克的巨神兵」与「恶魔的圣域」交给了游戏。决战中与马利克操控的「太阳神的翼神龙」展开了激斗，游戏成功击败马利克，将马利克的黑暗人格埋葬，也终于将「三幻神」齐集。[7]

王之记忆篇

暗游戏得到自称是夏迪派来的使者的男人波巴沙的指引，进入了自己与「黑暗大神官」阿克纳帝的记忆组成的「王之记忆」世界中，与暗貘良展开了「究极的RPG」黑暗游戏。另一方面，想要帮助另一个自己的表游戏，与朋友们一起进入了这个RPG游戏的世界中。暗游戏作为法老王和盗贼王貘良展开激战，在即将击败貘良之际，却被大邪神的沙漏影响而落败。

大邪神索克终于复活了，一众神官和法老王奋力抵抗着索克的进攻，但是全部都被打败，连「三幻神」都无法抵抗索克的力量。

另一方面，表游戏与朋友们在陵墓中苦苦寻找着则寻找法老王的真名，却遭遇埋伏已久的暗貘良袭击，表游戏与貘良展开决斗。貘良将表游戏逼入绝境，但最后表游戏反败为胜，彻底消灭了暗貘良的最后人格。其后得到真名的众人一同前往战场，并告诉了暗游戏他的真名——阿图姆。阿图姆将「三幻神」奉献召唤出「光之创造神哈拉克提」，彻底消灭了大邪神索克，赢得了这场究极黑暗游戏的胜利。

潜藏在塞特心中的黑暗在最后一刻爆发出来，几乎将阿图姆完全消灭。但塞特在琪莎拉的帮助下最终战胜了黑暗的心，阿图姆将王位交托给塞特，拜托他成为一名好的法老王，王之记忆篇结束。

决斗之仪篇

阿图姆为了回到冥界，被伊西斯与马利克告知需要在冥界之门前进行决斗仪式，让冥界之门判定自己的去向，而决斗的对手就是自己的伙伴武藤游戏。两人倾尽全力展开了对决。最后阿图姆试图用「死者苏生」复活「奥西里斯的天空龙」，但游戏打开了之前封印着「死者苏生」的「封印之黄金柜」。阿图姆明白游戏的心意，最后由游戏获得了胜利，他已经超越了阿图姆，成为真正的自己。阿图姆向众人道别，回到昔日的同伴身边，随着冥界之门的关闭，七件神器也永坠地狱。而成长为唯一的自己后的游戏擦掉了眼泪，开始了新的故事。

后传：THEDARKSIDEOFDIMENSIONS

跟暗游戏的最后决斗结束后一年，游戏他们看似已经重返日常。

那时面前出现神秘少年“蓝神”。同时，全世界不断发生神秘失踪事件。海马则一心只顾寻找千年积木。

几块拼图全部拼合之时，决斗的序幕又再次揭开了！

动画原创

虚拟世界篇

成功打倒帕加索斯后，海马濑人回到了海马集团，随后发现五巨头与帕加索斯接触的阴谋。为了夺回海马集团，海马接受了五巨头的条件，进入虚拟世界中进行战斗。如果在战斗中失败，就会永远被困在虚拟世界。

海马濑人的弟弟海马圭平为了解救受困的哥哥，找到了游戏等人。游戏等人进入了虚拟世界，与海马汇合。

面对五巨头召唤的「五神龙」，游戏与海马共同战斗，游戏将自己的「混沌战士」和海马的「青眼究极龙」融合诞生了「究极龙骑士」，成功击败了「五神龙」。

乃亚篇

发生在决斗都市8强比赛后前往半决赛的地方的时候，突然从海底浮出了巨大的要塞阻止了众人的前行。作为海马濑人的养父海马刚三郎的亲生儿子乃亚，因为对海马逼死了他的父亲而怀恨在心，所以他将海马等人劫入要塞并由连接终端拖入一个虚幻的电脑世界里进行决斗，想要报一箭之仇。在那个世界里危机重重，之前被困在虚拟世界的海马集团五巨头也为乃亚效力，在各处埋伏，想要夺取他们的身体回到现实世界。海马在与乃亚的决斗中为了能够救弟弟海马圭平而放弃打败乃亚的机会被变成石像，暗游戏接替海马继续进行决斗。在决斗的过程中朋友们都被变成石像，但游戏仍然相信彼此的羁绊，最终打败了乃亚。其后海马也打败了潜藏于电脑世界的海马刚三郎，使大家脱离了危险。[8]

多玛篇

一万年前，亚特兰蒂斯得到了名为「山铜」的物质，创造了伟大的文明。但「山铜」的力量却让人们慢慢变得腐朽，最后成为怪物，国王达姿在亲手斩杀变成怪物的王后之后，自己也成为了「山铜」的代理人，将亚特兰蒂斯毁灭。

在「决斗都市」大赛获胜的武藤游戏带着3张神之卡在记忆石板前准备进行仪式，但石板却被黑暗力量冰封，其后神秘组织「多玛」的「三剑客」突然出现并抢去了神之卡。游戏等人面对无法破坏的「山铜结界」处境非常艰难。

「多玛」组织的目的是利用一万年前出现的「山铜」的力量，使用「山铜结界」夺取决斗败者的人的灵魂为祭品，从而使潜藏于地球深处的黑暗之神苏醒，实现最终目的——清洗整个腐朽的世界。世界发生了异象，游戏也遭受到袭击。游戏在梦中受到决斗怪兽精灵「黑魔术少女」的引领，获得了「传说之龙蒂迈欧」的力量。

得到了帕加索斯邀请，游戏与伙伴踏上了美国的土地。在此期间城之内和海马相继获得了「传说之龙」的力量。帕加索斯将1张「无名之卡」叫给了游戏，提示会解开「传说之龙」真正面目。

暗游戏在与「三剑客」之一的拉斐尔的决斗中迷失了自我，发动了「山铜结界」，将「蒂迈欧」消灭，身怀黑暗的他最终被拉斐尔打败，在灵魂即将被封印之际，表游戏用「千年积木」打破结界，代替了暗游戏接受封印。愤怒的暗游戏踏上寻找伙伴的旅程。最终得到了达姿的父亲铁心和女儿克里斯的帮助，重新复活了「传说之龙蒂迈欧」。在「多玛」分部的楼顶中，暗游戏操纵两条「传说之龙」将拉斐尔打败。

游戏与海马赶赴最后决战之地，面对使用三重「山铜结界」的达姿，海马也倒下了。但游戏并没有放弃，最后在羁绊的力量下唤醒了3条「传说之龙」的真面目「传说之骑士」，将黑暗之神打败。

最终暗游戏心中的记忆容器将达姿的黑暗完全吞噬，达姿与父王和女儿重归亚特兰蒂斯，「传说之骑士」则完成任务回到决斗怪兽世界。[9]

KC杯决斗大赛篇

由于海马集团被盗取了卡片资料，声誉再次陷入低谷。为了挽回公司的声誉，也是为了实现海马濑人与弟弟海马圭平在童年时候的梦想，在美国新建成的海马乐园举办的「KC」杯决斗大赛。武藤游戏等人为了挽回海马集团的声誉（与圭平的邀请外加回国机票）也参加了此次比赛，而游戏则作为「决斗王」参加最后的冠军赛。此时，一个巨大的阴谋正在蠢蠢欲动，那就是海马集团的竞争对手——修雷达公司意图通过破坏本次比赛并将海马集团一举打倒。海马最后打败了修雷达公司的董事长吉克，正当他以为一切已经解决了的时候，没想到吉克安排的最后王牌——他的弟弟雷恩闯入了最后的冠军赛，并且在不知情的情况下启动了破坏海马公司的病毒。暗游戏再次发挥实力，完满解决了事件。[10]

游戏王GX

在第1集中，在公园里遇见游城十代，将「羽翼栗子球」送给了他。

在179集中，引导游城十代穿越时空与过去的自己决斗，为十代找回享受决斗的心。[11]

剧场版动画

光之金字塔

决斗都市大赛结束后，武藤游戏成为了首届的决斗王，并且得到传说中的3张神之卡，引起了无数决斗者的纷纷挑战。另一方面，不甘落败的海马濑人找上了决斗怪兽卡之父——帕加索斯，逼问击败神之卡的方法......

在地球另一边的埃及陵墓，随着古墓的开启，黑暗的力量再次回到地上，三千年前的宿命之战再次揭开序幕......

游戏与海马再次进行决斗，海马诱导游戏召唤出「三幻神」。随后「三幻神」被海马的「光之金字塔」完全粉碎，海马还将「青眼究极龙」进化成「青眼光龙」，将游戏逼入绝境。

而在此时邪恶的敌人阿努比斯苏醒了，在「光之金字塔」的力量下接连召唤出强大的「斯芬克斯」怪兽。游戏利用了海马的卡，将墓地的被除外的「三幻神」再次复活，击败了阿努比斯。[12]

超融合！超越时空的羁绊

新童实野市面临毁灭的危机，为了探寻「星尘龙」被夺走的真相，红龙的力量让不动游星从遥远的未来穿越到过去......[13]

精灵决斗者游城十代，遇到了操控强大怪兽的神秘敌人。屡次抵挡住攻击的十代，在敌人呼唤出白色的龙的瞬间感到不妙了......

正在市中心广场等待活动开始的武藤游戏，突然遭到神秘怪兽的袭击，会场瞬间变成了废墟......

与穿越时空而来的两位后辈决斗王游城十代与不动游星，三人共同对抗从各个时代收集强力怪兽、号称史上最强的敌人——帕拉多克斯，为挽救世界进行了决斗。

游戏用奇妙的战术为游星夺回了「星尘龙」，并且破坏了「罪矛盾龙」。并肩作战的三人被帕拉多克斯的强大「罪真实龙」打得偏体鳞伤，但游戏在十代的配合下用「栗子球」抵挡住「罪真实龙」的致命攻击。

最终三人的羁绊战胜了帕拉多克斯，挽救了破灭的未来，三人在夕阳下道别。[14]

游戏王R

和动画版设定不同的另一个世界线的故事——「天马动乱篇」。帕加索斯的养子天马夜行被基斯·霍华德欺骗，以为帕加索斯是被游戏所杀，决心对游戏实行复仇。他绑架真崎杏子，并意图利用帕加索斯的遗产——「三邪神」之力让帕加索斯以杏子的身体为容器复活。为了救出杏子，游戏与城之内、本田一同进入被夜行占领的海马集团大楼，而夜行的雇佣兵——十三位「卡片专家」正等候着游戏一行，游戏等人只有用决斗击败对方才能继续前进……